一九四一年三月，卫立煌应召到重庆述职。蒋对卫在第一战区偏与八路军的关系加以责备，并声言要撤他河南的省主席之职，卫对此不服，一气之下，告假到峨眉山休息。五月，突获前线紧急军情，中条山失陷，心中非常不安。他深知中条山形势险要，关系到黄河两岸的安全。便日夜兼程赶回洛阳，立即布置兵力作收复中条山的战斗准备。有参谋人员向他报告说：“日方炮火猛烈，攻山部队难免有过大牺牲，不易取胜。”卫乃与参谋人员和炮兵、工兵等技术人员共同研究如何减低敌人炮火的杀伤力。结果，创造出一种可以携带的临时防御工具，掩护部队挖壕作业。卫命令攻山部队迅速仿造，携带攻击前进。这一工具在收复中条山战役中．发挥了作用，不仅掩护自己而且重创敌人。以后在不断改进中被称为“活动堡垒”。中条山会战重创日军后，卫立煌率部实行了战略转移。
十月四日中午，郑州失守。卫立煌召开军、师长以上的军事会议。卫指出驻守郑州的司令官孙桐萱玩忽职守，责令他带领第三军团，负责将郑州收复。孙桐萱统率全兵团三个师，拼死向郑州猛扑。卫立煌也亲临前线督战。经一昼夜厮杀，日军败退到中牟，郑州失而复得。卫进驻郑州市陇海花园，视察市区遭日军破坏后的凄凉景象，并部署防守任务后，乘专车回洛阳。他在洛阳西车站，受到洛阳数万市民的热烈欢迎。人们呼喊着“热烈欢迎卫长官凯旋归来”的口号，高唱“卫长官，指挥好”的歌曲：中条山高又高，卫长官指挥好，飞机轰不动，大炮打不倒。活动堡垒威力大，我们守得牢又牢，打得鬼子无处逃，无处逃！
一九三九年九月，重庆国民政府发布卫立煌兼任河南省政府主席。就任不多时，突接他的妹妹淑如自成都来电，传来了他的夫人朱韵珩在成都病逝的噩耗。他含着悲痛，飞赴成都，安慰了宋太夫人，并嘱咐妹婿沈树森将女儿道蕴、儿子道然送洛阳来，他原机飞返洛阳。在卫主政河南时期，他和**领导人八路军高级指挥员之间，往来更加密切。八路军在洛阳设有办事处。每当周恩来副主席、朱德总司令、彭德怀副总司令以及**、薄一波、萧克、左权等人来到洛阳时，卫立煌都是亲自迎接，设宴款待，并招待看戏。
由于国民党内部派系之间的权利相争，以卫立煌在第一战区司令长官兼河南省主席的任期内，连年受到控告。军统、中统特务系统早就以卫立煌“袒护**，怀有异心”为辞，告到蒋介石那里。特务头子戴笠还飞到洛阳来搜集卫和**人往来之间的所谓“材料”，又逮捕了一些进步的无辜的青年。汤恩伯、蒋鼎文对着河南省主席这一“美缺”馋涎欲滴，一再告状。蒋介石于一九四一年夏，革去了卫立煌陆军上将衔。同年岁末，蒋介石又用明升暗降的手法，免去了卫第一战区司令长官本兼各职，调任西安西北行营办公厅主任。任命蒋鼎文为第一战区司令长官、汤恩伯为副司令长官，兼河南的省主席，总揽第一战区军政大权。
一九四二年春，卫立煌离开洛阳去西安就任西安西北行营办公厅主任时，当他乘车离开洛阳长官司令部前往火车站途经市区时。曾受到洛阳各界群众十余万人，焚香夹道相送，情况至为热烈为这位因战功显赫而遭削去兵权的抗日虎将饯行，这种事情只有在前清的一位道台离任的时候才发生过！卫立煌本人，也有留恋不舍之情。【\\/本\\/文\\/来\\/自\\/八\\/戒\\/中\\/文\\/网\\/】当他的车子开出洛阳西车站后，他又命令司机，将坐车折转到原住处的东花园兜了一个大圈子才离开。卫立煌对他调任西北行营主任一事，明知是蒋介石使的一套手法。他虽想撒手不干，但蒋令难抗，就不得不去西安就职，以避免事态僵化。卫离洛阳去西安后，他的亲属、故旧和高级幕僚，纷纷迁往成都居住。这是卫立煌事先选定好的退居地点。卫立煌在西安任职仅一个月，便到成都赋闲。
太平洋战争爆发后，国民党政府接受美国意见，成立远征军，由史迪威担任总司令。一九四四年夏，史迪威成功地训练了新一军、新六军，又反攻缅北获胜，取得了经验，便向蒋介石提出在昆明分两期训练国民党六十个师的建议。蒋介石考虑到由美国人训练，由美国人提供武器装备，部队全部换成美式装备，当然求之不得，立马批准了史迪威的建议。在蒋介石的支持下，在云南建立了以陈诚为首的远征军司令部，第一期从江西、湖北、四川等地抽调十二个军三十一个师，在云南集中训练。史迪威通过美国国防部，调来一批教官。陈诚忙了一阵，筹建工作完成后又另有重任，便由卫立煌接替了远征军司令官一职。
日军得到这一情报后，立即将陆军大将寺内寿一委派为日军滇缅战区的总司令，来和卫立煌相匹敌。
一九四四年春，卫偕秘书长戴允荪，由成都飞重庆，面见蒋介石后，开始就任远征军司令长官之职。四月，率戴允荪、蒋炎、彭子芳、巫咏翘、梅约翰等人乘专机赴昆明，设办事处于昆明昆华中学。卫在昆明停留期间，和龙云、美军顾问团人员、十四航空队的陈纳德以及云南各界人士，举行会谈多次。然后乘车前往远征军司令长官部所在地－－楚雄。在楚雄，又召开了有副司令长官黄琪翔、参谋长萧毅肃、秘书长戴允荪、兵站总监司可庄，参谋处长季鼎生、军需处长彭子芳、高参叶粹武及集团军司令黄杰、霍揆彰等高级将领和幕僚参加的军事会议，布置渡江战役。为了便于指挥，在会上决定，将司令长官部迁至距怒江东岸仅九十余华里的保山城东郊马王屯。
一九四四年四月，卫立煌亲赴前线察看，并寻觅适当的渡江点。又多次召开将领会议，制订作战方案，正当士气旺盛，各方面布置就绪，准备渡江出击之际，突然传来令人吃惊的消息：“日军由广西渡过金城江，侵占了贵州省独山。贵阳吃紧，重庆震动；”同时又传出：“汪伪政府派出代表，潜入昆明，怂恿龙云及其部属叛国投敌。”跟着，卫立煌即接到蒋介石的加急电，命卫回师禄丰、楚雄一带，监视龙云，严防龙部异动。并抽调部队，驰援贵阳。对此．卫反复沉思，认为：当前最主要的大敌是隔江相对的日军，如果放弃江防，把大军撤到昆明附近，日军便可随时强渡怒江，摄远征军之后，昆明也就危如累卵，旦夕难保。那就恰恰中了敌人内外夹攻之计。至于龙云是否叛国，其部属有无异动，尚在两可之间，就目前局势而言，只好将“加急电”搁过一边，暂不置理了。于是卫立煌一方面抽派部队，空运贵阳增援，一方面继续为渡江战役加紧部署，按原计划进行。
一九四四年五月，渡江战役序幕揭开。卫立煌首先将号称“活动要塞”的炮兵第十团调入阵地。第十团炮兵阵地布置在日军炮兵射程之外。任务是摧毁敌方防线，掩护大军渡江。又在惠通山一带，设立前线指挥部。他亲临前线指挥五个军。怒江西岸，有日军数万之众，盘踞在崇山峻岭之中。江上原有一座通向东西两岸的重要桥梁名惠通桥。一九四二年为日军炸毁。卫深知，要打通滇缅公路，收复被日军占据的腾冲、龙陵、芒市、畹町等战备要地，首先必须渡过怒江，消灭高黎贡山区固守之敌。因此，卫经过周密的计划，于五月中旬，兵分数路，从惠通桥上游和三江口等处，在炮兵的掩护下，相继强渡怒江，获得成功。
九月间，远征军又一举攻下日军总司令部所在地腾冲。