大明王朝真的已经到了风雨飘摇的地步。

李自成在潼关南原全军覆没，仅率十八人突围，收拾残部后，转移到陕西南部的商洛山中，休养生息。这年年底，他为了重整旗鼓，带了几十名随从，赶往谷城去会见张献忠。这两位同乡战友目前处境迥异，友情尚存。

张献忠设宴款待。酒过三巡，他拍拍李自成的背，戏言道：“李兄，何不随我而降，还仆仆奔走干嘛？”

李自成仰面大笑，连说：“不可，不可。”

此时此地两人心照不宣，李自成知道张献忠在谷城不过是权宜之计，并非真降，否则决不会冒失前来自投罗网；张献忠明知李自成决不会随他而降，开个玩笑而已。随后就接济他一批武器马匹，让他重整旗鼓，日后也好遥相声援。

当时谷城县的士绅亲眼目睹李自成会见张献忠后从容离去，埋怨熊文灿无能，没有命令张献忠生擒李自成将功赎罪。这种埋怨，都是不明底细的空话。熊文灿徒唤奈何，不可能“调度得宜”；张献忠并非真降，不可能“缚闯自效”。

张献忠任用秀才潘独鳌、徐以显为谋士，要他们讲解孙吴兵法，打造三眼枪、狼牙棒、埋伏连弩，操练团营方阵、左右营法，日夜策划有朝一日重举义旗。谷城知县阮之钿目睹这一切，心中焦急，又无力干预，只好苦口婆心从旁劝说，要他走刘国能的道路。真心归降，他可以担保张献忠不死，何必自蹈不义！遭到张献忠一顿痛骂，阮之钿从此忧愤成疾，料定将来不免一死——不是死于张献忠之手，便是死于熊文灿之手，在谷城县衙墙壁上题诗一首：

“读尽圣贤书籍。成此浩然心性。勉哉杀身成仁，无负贤良方正。”

谷邑小臣阮之钿拜阙恭辞从此就蜗居家中，不理政事。

湖广巡抚余应桂身临其境。看得一清二楚，极力反对熊文灿的做法，写信给熊文灿。提醒他：张献忠必反，要他先下手为强。不料他的信使被张献忠巡逻士兵俘虏，张献忠马上据此向郧阳巡抚戴东旻告发：巡抚要杀我。熊文灿得知后，上疏弹劾余应桂“破坏抚局”。杨嗣昌本来就对余应桂先前曾经弹劾杨鹤心怀不满，怂恿皇帝逮捕余应桂。余应桂被逮捕后，列举许多证据，向朝廷说明张献忠必反的种种迹象。朝廷不予理睬，把他充军边疆了事。

总兵左良玉也看出张献忠“反迹大露”，多次催促熊文灿发兵袭击。熊文灿搪塞说：他虽怀贰心，但尚未开衅；你虽敢战斗。但部众未集。贸然出击，其他受抚各部必然作出反应，得不偿失。

等到熊文灿自己意识到形势不妙——“张献忠将复叛”，请求朝廷调集四川、陕西军队围剿时，为时已晚。

崇祯十二年。张献忠在谷城再度起义，摧毁城墙，抢劫仓库，释放囚犯。他在过去委曲求全，受到各级官僚敲诈勒索，起兵后。在通衢大道上张贴布告，公布索取贿赂的官员姓名、数量、日期，向当地人民宣布：自己的起兵是熊文灿逼出来的，指责总理熊文灿欲壑难填，勒索贿赂数以万计。这一招，令熊文灿以及那些贪官污吏们羞愧得无地自容。

熊文灿自知纵虎归山，罪不容诛，连忙向朝廷推卸责任。兵科都给事中张缙彦向皇帝揭发：张献忠包藏祸心，无论愚者贤者人尽皆知，熊文灿受他愚弄，不断为他请官开赏，为他掩饰杀人越货痕迹，有揭露其阴谋者，立即封口；不断向朝廷谎报军情，把明显的反叛迹象说成是“反形未露”，欺蒙太甚。

崇祯恍然大悟，悔不当初，下令革去熊文灿所有官职，要他立功自赎。

草包熊文灿听说左良玉要发兵追击，故意走漏消息，并且强留左良玉为之饯行，拖延时间，使得张献忠得以从容地把武器粮食运往房县山中。接到皇帝命他“立功自赎”的圣旨后，知道自身难保，强令左良玉出兵。气得左良玉大发雷霆：总理先是纵虎归山，再命我擒拿，如不遵命，必定把逗留纵敌之罪强加于我。不得不贸然进攻，终于在房县西八十里的罗睺山遭到埋伏，全军覆没，军符印信丢失殆尽，只有几百人突出重围。一向骄横跋扈的左良玉当然不愿代熊文灿受过，向皇帝报告：熊文灿在张献忠反迹已露时阻挠他出击，纵虎归山后又强令他冒险出击，种种劣迹，和盘托出。崇祯下旨：逮捕熊文灿，左良玉戴罪自赎。

五省总理熊文灿逮捕入狱，作为熊文灿的推荐者，杨嗣昌责无旁贷，不得不自告奋勇请求前往湖广督师。

皇帝决定派杨嗣昌代替熊文灿的职务，前往湖广督师，亲笔写下了谕旨，指望他“速荡妖氛，救民水火”；“凯旋之日，优叙隆酬”。崇祯希望他将功补过，对他的能力充分信任，所以让他以内阁大学士的身份督师，总督、巡抚、总兵都听从他指挥，副将、参将以下军官可以用尚方宝剑军法处置，以期马到成功。

根据杨嗣昌的请求，皇帝在平台召开御前会议，参加者除了内阁大学士薛国观等人，还有吏部尚书谢陞、户部尚书李待问、兵部尚书傅宗龙。会议讨论了粮饷与军队的调度事宜，杨嗣昌提议，左良玉有大将之才，兵也可用，应当进封为“平贼将军”。